La cattedrale di San Rufino si trova all’interno del centro storico di Assisi. La splendida facciata romanica si erge maestosa sulla piazza omonima. L’edificio religioso occupa parte del terrazzamento romano, secondo alcuni, area del foro su cui sorgeva il tempio della Bona Mater. Conserva il fonte battesimale nel quale furono battezzati san Francesco, santa Chiara e, secondo la tradizione, anche Federico II di Svevia. La chiesa, edificata a partire dal 1029, venne insignita del titolo di cattedrale nel 1036. Nel 1140 fu ricostruita su disegno di Giovanni da Gubbio. Papa Innocenzo IV la consacrò nel 1253.

La facciata, vero e proprio capolavoro di scultura romanica, è divisa orizzontalmente in tre zone. Nella parte inferiore si aprono tre portali con ai lati leoni e grifi. Il portale centrale è riccamente scolpito con motivi vegetali, figure ed animali allegorici. Nella lunetta Cristo in trono, la Madonna che allatta e San Rufino, bassorilievo di autore ignoto. La zona mediana è decorata da tre splendide rose; simboli dei quattro Evangelisti circondano il rosone centrale. La parte superiore, con tetto a capanna, è stata aggiunta alla fine del XIII secolo. Nei pressi del campanile si trovava la casa di Santa Chiara.

L’interno, a pianta basilicale divisa in tre navate, è stato completamente rinnovato nel 1571 da Galeazzo Alessi (architetto, nello stesso periodo, della vicina basilica di Santa Maria degli Angeli). La rimozione degli altari laterali nella navata sinistra ha messo in luce parti del muro romano e l’antica cisterna.

Nel catino absidale affreschi del Carlone, di Giovanni Antonio Grecolini e del Giorgetti. L’abside è arricchito dallo splendido coro ligneo intagliato di Giovanni di Piergiacomo da San Severino, 1520. Nel braccio sinistro della crociera si trova una Crocifissione, opera di Dono Doni.

Dalla sagrestia si accede all’oratorio di San Francesco, luogo dove il santo si ritirava prima di predicare.

La cripta è un ambiente diviso in tre navate e conserva affreschi frammentari dell’XI secolo con Simboli degli Evangelisti. Il sarcofago romano del III secolo d.C. ospita il corpo di san Rufino.

Secondo san Pier Damiani (1052) le spoglie di san Rufino, vescovo di Assisi e martire nel III secolo, sono state oggetto di contesa tra il vescovo Ugone ed il popolo. Il vescovo voleva portare il corpo del santo nell’allora cattedrale di Santa Maria Maggiore. A un tale proposito si opposero fermamente i cittadini e una gara di “tiro alla fune”, con la cassa funebre del santo patrono, stabilì i vincitori: soli sette uomini di Assisi riuscirono a battere i sessanta del vescovo. Dopo lo straordinario prodigio, Ugone decise di trasformare radicalmente la primitiva piccola basilica dove erano ospitate le spoglie di San Rufino fin dal 412.